[오늘의 논문 보석 – 25] 10월 18일자 논문 보석💎 -논문 천사 이유나 –

 

안녕하세요? 오늘 발견된 귀중한 논문 보석들을 소개하는 K-BioX 운영팀 이유나입니다.

매일 같이 수많은 저널에서 논문이 쏟아지는 요즘과 같은 시대에 여러 분야를 다룬 논문에 일일이 모두 관심을 가지기란 쉽지 않습니다.  저마다 가치를 가지고 있지만 숨겨져 있다가 K-BioX의 biomedical 디스커션 채팅을 통해 새롭게 발굴된 논문들을 요약해 소개드립니다! 

 

1. Single-cell DNA methylation and 3D genome architecture in the human brain

https://www.science.org/doi/abs/10.1126/science.adf5357

 

[논공요] 인간 뇌를 single-cell 시퀀싱하여 DNA메틸화와 3D구조를 확인한 논문입니다.

 

Fig. Epigenomic profiling of human brain cells with snmC-seq3 and snm3C-seq

 

 

복잡한 세포 유형의 근간이 되는 유전자 조절 시스템을 규명하는 것은 건강과 질병에 관련된 뇌 기능을 이해하는 데 중요한 과정입니다. 이 논문에서는 성인 남성의 뇌의 46개 부위에서 single-cell resolution으로 DNA methylation과 chromatin conformation을 조사하였습니다. 이 조사에는 39만 9천 개의 뉴런과 11만 8천 개의 비뉴런 세포를 포함하며, 이들을 188개의 세포 유형으로 식별하고 분자적 특징을 분석하였습니다. 이를 통하여 특정 유전체 부위에 어떤 후성유전적 변화가 일어났는지를 관찰하여 뇌 세포 유형을 예측할 수 있는 singel-cell methylation barcode를 개발했습니다. 이 후성유전체 뇌세포 아틀라스는 뇌에서의 세포 유형별 유전자 조절의 복잡성에 대해 통찰력을 제공할 수 있습니다.

 

보석 발굴가 : 유진 님

 

 

2. A metabolic role for CD47 in pancreatic β cell insulin secretion and islet transplant outcomes

https://www.science.org/doi/10.1126/scitranslmed.add2387

 

[논공요] 췌장 β 세포 인슐린 분비 및 섬 이식 결과에서 CD47에 대한 대사적 역할.

 

Fig. Limited CD47 signaling improves glucose homeostasis and islettransplant outcomes.

 

 

당뇨병은 전 세계적으로 공중 보건에 큰 부담을 더하는 병 중 하나입니다. 임상적으로 상대적인 혹은 절대적인 인슐린 결핍이 당뇨병의 특징이므로, 인슐린 분비 촉진 혹은 인슐린 sensitivity를 목적으로 한 치료에 대한 수요가 높습니다. CD47은 self-recognition, 혈관 신생, 산화질소 신호 전달 등에 관여하는 cell surface glycoportein이지만, 인슐린 분비 조절에 관여하는 역할은 아직 밝혀지지 않았습니다. 이 논문에서는 CD47 수용체 신호가 인간과 마우스의 췌장 베타 세포에서 인슐린 방출을 억제하며, 두 모델에서 인슐린 분비를 촉진하기 위해 약리학적으로 이용될 수 있음을 입증하였습니다.

 

보석 발굴가: Ahmed Morsy 님 

 

 

3. Organoid cultures for cancer modeling

https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S1934590923001820?via%3Dihub

 

[논공요] 암모델링 관점에서 오가노이드 리뷰 논문입니다. 발표준비 부리나케 하고 있는데, 이런 리뷰논문은 정말 유용합니다.

 

Fig. Organoids for cancer modeling

 

 

Adult stem cells (ASCs)와 pluripotent stem cells (PSCs)에서 유래한 오가노이드는 암 연구와 암 치료법 개발에 중요한 전임상 모델입니다. 이 리뷰 논문에서는 primary tissue-derived 및 PSC derived 암 오가노이드 모델을 검토했습니다. 또, 이와 같은 모델들이 잠재적으로 다양한 장기에서 개인화된  medical approach를 제시할 수 있으며, 궁극적으로 초기 발암 단계, 암 유전체 및 생물학에 대한 이해에 기여할 수 있음을 논합니다. 또, ASC-based와 PSC-based 암 오가노이드 시스템의 차이점과 한계, 개선 사항 등을 비교합니다.

 

보석 발굴가: Grace 님

 

 

4. The pitfalls of negative data bias for the T-cell epitope specificity challenge

https://www.nature.com/articles/s42256-023-00727-0

 

[논공요] T cell epitope 특이성의 Negative data에 대하여 데이터 편향을 다뤘습니다.

 

 

 

High – performing machine learning에서 일지라도 모델을 훈련하고 테스트하는 데 사용된 데이터에 편향이 포함되어 있으면 real-world에 적용할 때 문제가 발생할 수 있습니다. 새로운 epitope에 대한 TCR-epitope 결합 예측은 면역학에서 중요한 요소이지만 아직 해결되지 않고 있습니다. 이 ‘Matters arising’ article에서는 TCR-epitope interaction 예측에 negative data 생성 기술이 사용될 시 어떻게 강한 편향이 유발되고, 이 편향이 현실의 시나리오를 테스트할 때 무작위적으로 성능을 떨어뜨리는지 설명합니다.

 

보석 발굴가: 고수본 님

 

 

위 논문들은 ‘K-BioX Biomedical 저널 디스커션 포럼’ 카톡 오픈채팅방에서 논의되고  있습니다. 

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편집: 이유나