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Cell type annotation 논의 하고 싶습니다.
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Cell type annotation 논의 하고 싶습니다.
scRNAseq 분석을 하는 과정에서 가장 시간이 많이 소요되는 부분이 바로 cluster 별로 cell type을 정하는 과정이라고 생각합니다. VInplot을 통해 각 cluster에서 발현하는 gene을 가지고 annotation을 하는데요. cluster별로 딱 맞아 떨어지면 좋겠지만 이런 경우는 드물다고 생각합니다.
여러분들은 FindAllMarker(), Findmarker(), FindConservedMarkers() 등 어떤 방식(Batch effect, Doublet remove 방법 포함)을 사용하는지 논의해보고 좋은 방법을 공유하면 분석하는 시간을 줄일 수 있을 것 같습니다!!
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심병창 K-BioX 충남대 충남대학교 의과학과.
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3 Replies
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저희가 코알라 프로그램에서 셀타입 annotation 부분이 중요한 부분이긴하고 많이 논의 하면 좋을 듯합니다.
이미 이 부분 진도 나가신 분들은 논의 가 함께 이루어지면 좋을듯하고 코알라 멘티님들이 다양한 단계에 계시는지라 다양한 질문들 서로 큰 도움이 될듯합니다. 심병창 대표 멘티님 글 감사드리고 아래에 관련해서 소통을 지속하면 좋을 것같습니다.
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자료 공유 감사드립니다.
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